Я бы хотел использовать апи для вывода шаблонов - как в таком слуачае буду отслеживаться мои продажи?

Для того, чтобы продажи вашего апи магазина отслеживались правильно, корзина вашего апи магазина шаблонов должна быть привязана к нашей системе оплаты и отслеживать комиссию от прадаж для вашего аккаунта.

Прочитать о том, как создать корзину для партнерского магаина на апи, можно в этой секции апи докумеентации.